Заливать нельзя, в воде у вас будут всегда происходить гнилостные процессы, как в болоте... почти.
Субстрат должен "ДЫШАТЬ", для этого нужно либо добавлять разрыхлители - картон, солома, лузга (неважно какая, но без значительного содержания мучных примесей, иначе - вы просто сделаете из субстрата ядовитую "брагу"), разрыхлителей до 30 -50% от общего объёма субстрата, либо просто-напросто держать оптимальную влажность, не более 80 -85%.
Если у вас сложности с поливом, а поливать в маленьких емкостях, в прямом смысле этого слова - нельзя (опрыскиваем из распылителей с мелким распылом/водяным "паром") прямым поливом - запросто можно залить... что собственно и вышло в вашем случае. Так вот, если сложности с поливом, на дно кладите гигроскопичный материал, способный впитывать излишки влаги, или эффективно отводить её, разумеется с дополнительными дренажными отверстиями в дне конструкции для отвода излишков влаги. Таким материалом могут быть полосы гофрокартона, либо - обычная солома.